Самое простое нанять сметчика для проверки состава и объемов работ. После выяснения истинных объемов работ составить список комплектации этих работ (сумма комплектации по каждой ведомости). Рассчитать транспортные расходы, погрузочно-разгрузочные, заготовительские и сладские расходы. Это можно самому с калькулятором. Или в exl. Дальше контроль непосредственно на линии: технадзор. Или сами там сидите и принимайте промежуточные скрытые работы по актам от подрядчика после осмотра/замера/проверки наличия паспортов, сертификато, актов и протоколов испытаний. Или нанимайте технадзора с репутацией.
Да по сути на все. Любая смета должна соответствовать реальным объема работ и расценкам. Особое внимание нужно уделить скрытым работам, т.к. их могут не выполнить, но в стоимость включат.