Голову покрывают потому, что это требование к молящимся в церкви женщинам озвучил святой апостол Павел в своем Первом Послании к Коринфянам.
Требования носить в церковь именно юбку, а не брюки в Священном Писании нет, есть требование не быть источником соблазна для своих братьев и сестер во Христе, и потому одеваться скромно (то есть юбка выше колен, блузка/платье с декольте и/или без рукавов, брюки в обтяжку, шорты, рубашка-безрукавка одинаково неприемлемы для посещения в них церковной службы именно потому, что человек в такой одежде может быть источником нежелательных в церкви мыслей и объектом повышенного внимания со стороны прихожан противоположного пола, чего на службе быть не должно; именно с этой целью молящиеся женщины занимают место слева от Царских Врат, а молящиеся мужчины - справа). А требование быть на службе именно в юбке, а не в брюках - это просто церковная традиция, продиктованная не Священным Писанием, а здравым смыслом, т.к. в силу анатомических особенностей строения женского тела любые брюки, кроме брюк самого широкого и свободного покроя, не могут скрыть тех выпуклостей и изгибов нижней части женского тела, которые полностью скрывает юбка/платье. И этому трудно что-то возразить.
Все аспекты вопроса подробно, мне кажется, рассмотрены по ссылке и по ссылкам там данным:
Зачем в храме нужно покрывать голову платком и нельзя в шортах, Богу важен внешний вид человека?