Потому что НДС это косвенный налог, который оплачивает конечный потребитель, ничего сверхъестественного в этом нет. Производитель тоже оплачивает НДС, когда приобретает, например, сырье. Потом стоимость НДС переносит на себестоимость товара и т.д. по цепочке.
Простите, но боюсь вы не уловили суть вопроса.