Вопрос немного в своей формулировке режет ухо. Чаще верующие нетерпимы не только к атеистам, но и к тем, кто исповедует другую религию. Часто человек нетерпим к чужому мнению и взглядам считая себя истиной в последней инстанции. Просто нужно принять то, что ошибаетесь оба, а один из спорщиков дурак, а другой - подлец.