Только те, где несогласен
Про корону в общих чертах понятно - всяческая магнитогидродинамика: пересоединение, алфвеновские волны и т.п.
Пузыра Ферми - совершенно точно следы активности черной дыры (джетов), совершенно типичные
"Скрытые" барионы хорошо известно где - в пыли и главным образов в газе. Для скоплений галактик 90% газа - типичная величина
Механизм события гамма-всплесков в общем ясен - коллапс ядра звезды + джеты, не ясен механизм самого гамма-излучения
Доводов за то, что инфляция была предостаточно, хороших альтернативных моделей нет, так что вопрос к числу неясных не относится. Конец инфляции (исключая первую модель Гута) хорошо описан количественно, там нет никаких неясностей.
С запуском джетов более менее понятно. Люди научились достаточно хорошо моделировать это дело. В коллимации важную роль играет внешняя среда. Хуже понятно то, как излучают джеты
И строение нейтронных звезд всё ещё не до конца понятно, кстати :)
Их огромное количество например в галактике 3c303 учёные обнаружили огромный источник электрического тока достиющий 10в18 степени ампер, да даже насчёт большого взрыва учёные продолжают спорить.