Сама по себе франшиза никак не регистрируется, так как это комплексное понятие. Регистрируется товарный знак, который является важным элементом франчайзинговых отношений. Чтобы передать Вашему партнеру право вести дейтельность под Вашим брендом ( товарным знаком) , Вы должны обеспечить правовую охнару этого самого товарного знака, зарегистрировав его в Роспатенте. Процедура это не быстрая - около 1 года и не бесплатная - от 13 500 рублей. Далее каждый факт передачи Вашего товарного знака франчайзи ( продажа франшизы другому лицу) Вы должны также зарегистрировать в Роспатенте.
Но в данном случае речь идет именно о регистрации товарного знака как интеллектуальной собственности.
Франшизу можно "зарегистрировать" (внести ее), например, в каталоге франшиз. Чтобы покупатели франшиз, рассматривая разные варианты, мог видеть и вашу франшизу в реестре.