Сначала нужно зайти на сайт metrika.yandex.ru и авторизироваться через аккаунт в Яндексе. Далее нажмите «Добавить счётчик» и определитесь с названием счётчика. В настройках счетчика нужно указать адрес сайта, на который он устанавливается, указать часовой пояс, в котором удобнее получать данные. Далее принимаем условия использования и нажимаем «Создать счётчик». Устанавливаете требуемые настройки, после получаете код, который нужно будет разместить на всех страницах сайта, между тегами <head><head>
Либо между тегами <body><\body>, желательно сразу после <body>
Подробный ответ
А если сайт с доменом .рф?