Вспомни, когда раскалываешь зажигалку с сжиженым газом - на ней появляется иней и она заметно охлаждается. В автомобильном кондиционере принцип такой же - газ (хладогент, в основном фреон) из жидкго состояния переходит в газообразное, выделяя холод. Воздух проходит через элемент кондициционера (испаритель), где этот процесс происходит и тем самым охлаждается. Физика - и никакой магии.
Поток воздуха приходит с улицы, он в основном горячий, воздух проходит через компрессор, который как-раз и занимается его охлаждением, после чего холодный воздух попадает через фильтры в авто.