Хрен прекрасно хранится в естественных условиях, поэтому, если позволяет возможность, удобнее всего хранить его в ящике с песком. Вырванные корни немного подсушить, переложить в ящик и пересыпать песком. Зиму пролежат и будут как свежие, главное чтобы песок сухой был. Так же можно их высушить и хранить в тканевом мешке, как грибы. Ну или заморозить.