Прежде всего антибиотики плохи тем, что бьют "по площадям" поражая не только болезнетворные бактерии (if any), но и довольно значительное количество полезных бактерий, обитающих в желудочно-кишечном тракте и играющих важнейшую роль в переваривании пищи. Нарушенная микрофлора, конечно, со временем восстановится, но злоупотребление антибиотиками может привести к серьезнейшим проблемам в организме.
Вторая причина - это мутационные механизмы, которые при неправильном и бездумном приеме антибиотиков могут позволить болезнетворным бактериям получить иммунитет к антибиотикам и стать весьма опасными. Вероятность распространения такой мутации невелика, но все же лучше не рисковать.