Несомненно.
Существует общая логическая иерархия понятий, методологические, философские иерархии, научные, узкоспециальные, личные...
Насчёт "у каждого своя" сомневаюсь: если человек способен удерживать именно иерархию, а не только временные структуры, у него наверняка образование имеется — и он, соответственно, опирается на уже имеющиеся иерархии.
Может что-то добавить или в чём-то ошибиться; а действительно оргигинальная иерархия это целая философская система — которая почти наверняка станет известна и не удержится "в одной голове".
Ошибочные иерархии или их отсутствие свидетельствуют о психическом расстройстве. Как симптом. Например, понятие жидкости "выше" понятия воды (в жидком состоянии) — здоровый человек это так или иначе понимает (отношение "выше" может быть заменено иным) — но это понимание может быть утеряно.
То есть: вода — разновидность жидкости. Это элемент общей логической иерархии понятий. И есть люди, которые этого не понимают или даже считают наоборот — жидкость разновидностью воды.
Понятиям соответствуют слова. У слов конкретного языка может быть своя иерархия, по происхождению. Слово "вода" скорее всего связано со словом "водить", и скорее всего происходит существительное от глагола — но это я точно не знаю, то есть мне иерархия слов русского языка неизвестна, надо лезть в разные словари, думать, возможно консультироваться.
Эти иерархии, однако, находятся в психике только условно. При условии, что мы считаем сами понятия частью содержания психики. А это не обязательно так.
Причём иерархия может быть мне известна, но не понята. В таком случае я знаю о её существовании, знаю её устройство, но в моём сознании её по сути нет. Например, я "знаю", что понятие эллиптической функции является частным по отношению к понятию аналитической — но последнее мне сейчас непонятно. Я понимаю, что оно более общее для первого, но самого понятия не знаю. Только слова.
Где в таком случае находится иерархия?