Необходимо различать расизм как одно из течений в этнографии/этнологии/антропологии (изучающее существующие различия между расами) и расизм как политическую практику (которая оперирует понятиями неравенства рас). При этом надо отметить, что в Российской империи (да и по всему миру) очень часто происходило смешение понятий "раса", "народ", "нация", "народность", "племя".
Первый вариант расизма, безусловно, присутствовал в Российской империи. Марина Могильнер выделила два направления в российской имперской антропологии: "антропология имперского разнообразия", представленная Московской и Санкт-Петербургской школами и "антропология имперского однообразия" (или "антропология русского национализма"), представленная Киевской школой. Еще были различные промежуточные варианты, например, Казанская школа. В рамках первого направления указывалось, что чистых рас (и народов) на территории России нет, существует непрерывная цепь переходных типов. Раса понималась ими исключительно как набор физиологических признаков. Представители второго направления добавляли к физиологии и вопросы психологии, благодаря чему считали возможным выстроить расы в определенную иерархию. Также они считали необходимым ограничить смешение рас, которое ведет к "понижению" высших рас (в частности призывали ограничить смешение русских и евреев).
В этом контексте была показательна дискуссия о расовом типе Пушкина, который являлся едва ли не символом России. И представители первого из течений склонялись к тому, что его предок - Абрам Петрович Ганнибал был выходцем из Абиссинии (где было смешение белой и черной расы). Тогда как представители второго акцент делали на то, что представители белой расы - род Пушкиных - смогли сгладить негритянские черты потомков Ганнибала, что свидетельствовало о превосходстве белой расы над черной. Так что научный расизм в Российской империи существовал, причем он не считался каким-то маргинальным течением.
Существовал расизм и в политической практике, особенно применительно к коренным народам Сибири, которые рассматривались как дети, которые нуждаются в опеке и надзоре со стороны правительства, воспринимаемого как носитель более высокой, европейской культуры и расы. Расистской можно считать и политику ограничения евреев, хотя тут большую роль играло их вероисповедание, а не расовые черты. При этом откровенного "расчеловечения" представителей других рас в Российской империи все-таки не было, в том числе по причине наличия длительного опыта взаимного сосуществования представителей различных рас.