Возможно данные о вашей учёбе и выпуске должны храниться в отделе образования муниципального, регионального или федерального уровня.
Опишите всю вашу ситуацию в заявлении и отправьте в министерство образования РФ, департамент образования региона (где вуз находится) и в муниципальный отдел (просто в администрацию района/мэрию). Они там уже сами разберутся, куда именно надо отправить. В шапке заявления укажите всех троих адресатов. Ну и спросите в заявлении, что вам делать в такой ситуации.
Ну а если уж совсем ничего не добьётесь, то подавайте в суд, как в другом ответе написали.