Есть. Более того, есть настольные игры стратегического характера действие которых происходит по трём и даже более осям. К примеру четырёхмерные шахматы. Действие происходит на гиперкубе или тессеракте который развёрнут на плоскость. Моделирование четырёхмерности достигается особыми правилами хода фигур.
Есть более сложные геометрии, вроде двух склеенных между собою тессерактов, пятимерном кубе или же просто различных трёхмерных комбинациях.
Больше вариаций шахматных игр на эту тему можно найти вот тут:
В те же шахматы можно играть в 3D. Чтобы включить этот режим на Lichessorg, нужно зайти на сайт, нажать на свой профиль, затем выбрать "Вид и размер доски", переключить с 2D на 3D. Вот, как это выглядит: Читать далее
Это просто оформление 3д. Шахматы 3d это на доске 8*8*8
В "Понедельник начинается в субботу" Стругацкие упоминают морской бой в гильбертовом пространстве. Правда, размерность пространства не называется.
Разве что про космос и подводные лодки, больше-то особых трёхмерных пространств-то у нас нет. Из Первых могу предложить Homeworld 2. Морально устаревшая, однако реализаций в том же ключе я не видел.