Оптимально оклад+стимулирующие выплаты.
KPI можно применять в хорошо структурированных компаниях, с точным и прозрачным функционалом по каждой из должностей. Но, как правило, это бывает редко, KPI разрабатываются "чтоб были", по факту они не мотивируют на достижения.
Стимулирующие выплаты (премия) могут начисляться на основании соблюдения критериев: исполнительская дисциплина, своевременность и качество отчетности, эффективность управления дебиторкой/кредиторкой, качество предоставления информации инвесторам и т.д.
Кроме того, применение окладно-премиальной системы позволяет беззатратно по факту проводить обязательную для всех организаций индексацию - увеличиваете оклад/снижаете процент премии.
Например, у вас соотношение оклада и премии в совокупном доходе 50/50. Раз в год, при индексации, увеличиваете оклад на 5 процентов, снижаете максимальный процент премии на 5 процентов. Совокупный доход остается без изменений.