Здравствуйте.Состоять на воинском учёте вы были обязаны и отсутсвие регистрации не может послужить основанием для отказа в постановке на воинский учёт.
Необходимо было подать заявление о постановке на воинский учёт и приложить подтверждающие документы проживания( договор аренды жилья или договор об обучении)
Затем с 2014 года вам необходимо было сняться с воинского учета в связи с вашим пребыванием за рубежом более 6 месяцев - для этого необходимо было подать заявление о снятии с воинского учета и приложить документы подтверждающие пребывание в другой стране ( билеты, визы, договор аренды жилья или обучения)
На данный момент военкомат может сказать, что были нарушены правила воинского учета, тем самым воспрепятствовали получению отсрочки.
В лучше случае предоставит отсрочку для обучения в ординатуре.
Так же, если у вас имеются не призывные заболевания, вы можете предоставить медицинские документы и списаться по болезни( если такие имеются) и вопрос с военкоматом будет закрыт