Добрый день.
Также согласно вышеуказанной статье, если Вы взяли академический отпуск, то отсрочка сохраняется при условии, что срок Вашего обучения не увеличивается более чем на один год.
Если Вы не явились в военный комиссариат для получения отсрочки, то данной отсрочки, вероятнее всего, у Вас нет, так как призывная комиссия выносит решение в отношении призывника при его личном присутствии.
Поэтому Вам необходимо явиться в военный комиссариат со справкой об обучении, и тогда призывная комиссия вынесет в отношении Вас решение о предоставлении отсрочки.
Волноваться в данной случае не стоит, все основания для отсрочки у Вас имеются, осталась лишь формальность, чтобы Вы официально получили отсрочку по обучению в ординатуре.
Однако Вас могут привлечь к административной ответственности по ст. 21.5 КоАП (вынести предупреждение в отношении Вас или назначить штраф от 500 до 3000 рублей), так Вы не уведомили военный комиссариат об изменении места учебы и за то, что Вы не встали на воинский учет по месту фактического пребывания.
Мобилизационной комиссии в ВУЗе бояться Вам не стоит, так как Вы не подлежите мобилизации, так как не зачислены в запас и у Вас (фактически) имеются основания для получения отсрочки.