У Вас ситуация: "квартира была приобретена во время брака в совместную собственность, сейчас, после прекращения брака, выделяем доли. После она свою долю передаёт мне."
Если все делать так, как Вы написали - налог придется заплатить. Бывшая жена - это не то, что не близкий родственник, это вообще не родственник по нашему праву:))) Кстати, и жена - не родственник, а жена:)
Но можно поступить по другому - заключит соглашение о разделе имущества, в соответствии с которым вся квартира передается Вам в единоличную собственность. Что мешает Вам так сделать? Никто не обязывает супругов по соглашению поделить имущество пополам (я ведь правильно поняла, что Вы делите имущество по соглашению у нотариуса, а не в суде). Или Вы попали к такому нотариусу, который не удостоверяет других соглашений, кроме как пополам?... Если это так, то нотариус просто хочет удостоверить еще одну сделку (дарение), вот и все. Сходите к другому нотариусу:)