Кратко - можно. Чуть полнее - а какая разница-то? Важно же не то, как себя определяет, а хочет ли этих отношений конкретно с вами, хочет ли того же, чего нужно вам и вообще хороший ли человек. Какие у вас планы, ведь "начать спать вместе" и "хочу троих детей и дом" - это существенно разные варианты.
Ведь возможны варианты даже с самим "не определяет себя по гендерному признаку". Так про себя могут говорить люди, которым некомфортно от причисления к женскому или мужскому полу, а могут - те, кого просто утомило как раз внимание окружающих к себе в качестве сексуального объекта.
Есть те, у кого это "я не хочу быть мальчиком, я не хочу быть девочкой" - связано с интерсекс, то есть состоянием, когда биологический пол нельзя определить как однозначно мужской или женский. А есть те, у кого тело вполне однозначно считывается окружающими и врачами, но внутренняя идентичность - не сводится ни к мужской, ни к женской. К слову, последнее это как раз мой случай и я вполне себе в сексуальных отношениях; сверх того, даже в постоянном браке с ребёнком и ипотекой на дом. (=
В общем, поговорите с человеком. Можно не в лоб, просто когда услышите что-то про гендер, попросите рассказать чуть подробнее. Типа "слушай, вот я не очень это понимаю и боюсь, что я ляпну какую-нибудь глупость. Можешь объяснить, что это значит? Может, я что-то делаю такое, что тебе неприятно?" - вариант вполне возможный и аккуратный.