Добрый день, не забудьте, что Яндекс ориентируется на профиль в Я.Бизнесе при оценке деятельности оффлайн организации.
Поэтому, прежде всего, необходимо начать с корректного заполнения профилей филиала, где вы сможете указать ваш общий сайт.
У вас должен быть профиль организации в Калуге и профиль организации в Москве. И там, и там следует указать ваш общий сайт.
На самом сайте, естественно, у вас должны быть обозначены оба филиала. Страницу контактов желательно сделать отдельную для Калуги и отдельную для Москвы.
В подвале можете разметить информацию об обоих филиалах. Лишним не будет.
В перспективе с расширением организации ориентируйтесь на данный функционал и структуру: https://www.cdek.ru/ru/