Начну с вопроса: а чем Вам не нравятся длинные ссылки - тем, что они длинные? Делайте так, как удобнее. Если удобнее разделить проекты турников на настенные и другие, то лучше так и оставить. К тому же, если убрать лишние уровни, могут возникнуть проблемы с внедрением хлебных крошек. Если нужно, чтобы пользователь попадал в проекты настенных турников из ХК, этот подкаталог должен быть.
Что касается отношения поисковиков к уровню вложенности, то, как мне кажется, здесь Вы заблуждаетесь. Поисковики глубину определяют не по вложенности в URL, а по близости страницы к главной. Поставите в главное меню ссылки типа домен/проекты/проекты настенных турников/проект номер 1/, и этот "проект номер 1" будет на глубине 1 или 2. Тогда как УРЛ типа домен/ссылка, до которого не добраться (нет этой ссылки ни в основном меню, ни в других видимых элементах страниц), и окажется у него? к примеру, уровень 7, а то и больше.