Безболезненно для SEO - никак. Всё, что проиндексировано, имеет позиции в выдаче и приносит трафик лучше оставить как есть. Даже если вы используете 301-е (постоянные) редиректы на новые URL, вы получите просадку по позициям на неопределенный срок. Кроме того, процесс переклейки в индексе может продолжаться неопределенно долго: и Яндекс, и Гугл в 2021 году очень удивляли крайней неторопливостью.
Если же сайт плохо индексируется, а странички, чьи URL вы собираетесь править, не приносят трафика вообще - ничего страшного. Обратите лишь внимание, чтобы все актуальные ссылки на них в рамках сайта были правильными.
И никогда без крайней необходимости не решайте вопросы навигации на сайте редиректами, это очень плохая практика, которая в перспективе будет крайне негативно сказываться на сканировании, индексации и ранжировании. Появление кольцевых бесконечных редиректов - один из примеров возможных проблем такого рода.