Смотря какой именно контент имеется ввиду - какой сайт? Коммерческий? Информационный? Портал? В разных ситуациях будут разные ответы на один и тот же вопрос.
Вопрос так же не совсем корректен - если создавать дубли уникального контента - то конечно это скажется на уникальности первоисточника - он перестанет быть уникальным. Вопрос надо ставить - скажется ли это негативно на ранжируемости основного сайта в поисковых системах? Тут есть разные варианты.
Если планируется целиком продублировать сайт на поддомен 1 в 1 (создать полный дубль, например, заменив только телефон и контактные данные) - это относительно недолго работало лет 5-7 назад, сейчас смысла в этом не много: поисковые системы склеят все поддомены (сколько бы их ни планировалось создать) как дубли, техподдержка в ответ на вопрос скажет что контент на региональных версиях должен отличаться.
Если планируется дублировать значимую статью (на информационном сайте), по которой хотелось бы продвигать основные запросы - то ее размножение на поддомены вполне может ухудшить ранжирование на основном сайте. Цель сего действия так же не понятна - если хочется увеличить показ в выдаче статьи дублированием (монополизация выдачи - чтобы в поисковой выдаче показывалась и основная статья и дубль) - это не сработает. Если задублировать статью все-таки хочется - то для уменьшения возможного негативного влияния можно указать каноническую ссылку в дублируемой статье на оригинал, либо в конце статьи указать активную ссылку на источник.
Если это не значимая статья (например - контакты или о компании) - то можно дублировать, влияния ни на что это не окажет. То же самое, например, можно сказать про новости, проекты и тп.
Дублирование контента для карточек товаров можно допустить, однако надо понимать, что одна и та же карточка товаров не появится одновременно в выдаче и на основном сайте и на поддомене. Поисковая система будет выбирать из них лучшую - две карточки одного товара в рамках одной организации будут конкурировать друг с другом за место в выдаче. Результат такого дублирования не всегда оправдывает ожидания с точки зрения SEO - выбранная поисковой системой как релевантная карточка на поддомене - может оказаться в позициях ниже, чем карточка на основном сайте (текстовые факторы равные, а ссылочные могут быть выше у основного домена.). В результате показатели поддомена вырастут, а показатели сайта в целом снизятся.
Так или иначе, при дубликации товаров нужно будет как минимум синхронизировать обновление контента на поддоменах, чтобы наполнение карточки на поддомене не отличалось в худшую сторону от наполнения карточки на основном сайте, в т.ч в процессе обновления товаров. Трудозатраты на дублирование могут оказаться значительными, а эффект от внедрения - никаким. К этому надо быть готовым.
В интернет-магазине я бы порекомендовал использовать статичный адрес для карточек товаров (1 товар = 1 страница), а на региональных версиях работать с каталогами, фильтрами и регулировать региональность ценами и наличием.