Canonical - это способ сказать поисковой системе "ты сюда не ходи, туда ходи", своего рода софт-редирект на ту страницу, которая должна быть целевой.
Уже сказали в ответах, что canonical нужно внедрять на всех страницах сайта, хотя бы на всякий случай. Однако и контролировать, что там, в этих тегах написано, тоже надо периодически - нередко бывает так, что канонический URL переехал или отдаёт 404, а боты по нему продолжают идти.
Просто держите в голове: канонический адрес работает как 301-редирект, просто без автоматического перенаправления, и если вы всё делаете правильно, ПС смогут лучше разобраться, где у вас что и как к чему относиться.