Скорее всего вы путаете плоскость солнечного экватора и плоскость эклиптики. Да, Меркурий имеет самое большое наклонение к плоскости эклиптики (7 градусов) из всех планет Солнечной системы, как и эксцентриситет орбиты.
Все дело в том, что Меркурий находится в приливном захвате и орбитальном резонансе 3:2 с Солнцем. Т.е. делает три оборота вокруг своей оси за два оборота вокруг нашей звезды. Именно в этом резонансе, и с таким наклонением, его орбита стабильна с точки зрения небесной механики (мы не берем во внимание релятивистские эффекты).