Возможно потому что видеокарта сильно греется, и за счёт этого срабатывает порог с которого включается охлаждение? И зачем вам вообще отключать вентиляторы? Если сильно шумит карта - то уменьшите скорость вентиляторов в msi afterburner и радуйтесь. Скорее всего их вообще лучше сменить, т.к. 900’ой серии уже не мало лет, и вертушки и паста давным давно износились. Здесь же как с машиной, только износ происходит дольше.