ЭЦП в ФНС РФ выдаётся бесплатно, в том числе и при утере носителя (компрометации ЭЦП), заплатить придётся за носитель, его необходимо приобрести до "похода" в ФНС.
При этом надо помнить, что с момента обнаружения пропажи или поломки ЭЦП необходимо, в течении 1 дня, обратиться с заявлением в удостоверяющий центр ФНС РФ для прекращения действия ЭЦП утраченного ключа. Само заявление необходимо предоставить лично в любую ИФНС где производится выдача ЭЦП.
Параллельно уведомить Ваших контрагентов, с кем Вы осуществляете электронный документооборот, о том, что ключ утерян.
После этого или параллельно можно подать заявление в ФНС на выпуск нового ЭЦП и получить его.