Потому что в Римской империи были разрешены только древние, народные, веротерпимые религии. А христианство было новой, вненациональной и не признающей истинность других верований религией.
Кроме того, было необходимо выражать свою политическую лояльность императору через принесение ему жертвы. А христианами это считалось как идолопоклонство. Так что христиане воспринимались ещё и как враги императора.