Можно ли сказать, что религия делает человека плохим, эгоистом, потому что он делает добро, исходя из мысли попасть в Рай?

Религия, как и ничто на свете, не может сделать человека "плохим" или "хорошим". Таковым его делает исключительно его собственный нравственный выбор. Который, строго говоря, касается каждого отдельного решения, а не человека вообще. О "плохости" человека можно говорит лишь с долей условности, имея в виду множественность его выборов, совершенных по "плохим" мотивам.

Основанием для выборов является система ценностей человека (сами ценности и их иерархия), которая тоже может быть такова, что тяготеет в "плохую" сторону. На формирование системы ценностей может оказывать влияние и религия, в числе прочих факторов, но таки выбирает ее человек сам. При это часто называя "плохое" "хорошим", в меру самообмана :)

Но, как бы то ни было, мотив конкретного человека при совершении конкретного "добра" зависит от него самого. Он может делать добро из любви, из желания кому-то понравиться, из надежды на Рай и т.д. Религия, если он при этом считает себя религиозным, здесь ни при чем, потому что это дело его совести.