Прикрываясь солдатами-клонами, Феттелу удалось скрыться от оперативного сотрудника в порту. Позже его сигнал был потерян. Координатору «Ф. Е. А. Р.» сообщают о пропавшей разведгруппе в офисе «Армахема». С новой группой бойцов «Дельты», герой попадает в офис «Армахем Технолоджи». Там он по крупицам собирает информацию о секретных проектах корпорации и освобождает взятую в заложники
Элис Уэйд — дочь учёного Харлана Уэйда, проводившего эксперимент с армией клонов, которая после того, как клоны сбили вертолёт эвакуации, не успевший даже приземлиться, сбегает и едет на машине в «Саркофаг» к своему отцу. Позже выясняется, что программист
Нортон Мэйпс и охрана «Армахем Технолоджи» пытаются уничтожить все доказательства проведения проекта, но по уцелевшим остаткам информации удаётся узнать, что в эксперименте изначально участвовала девочка с
экстрасенсорными способностями по имени
Альма, но руководителю проекта был нужен не просто
человек-телепат, а рождённый от него. Как говорится в информации, получаемой в ходе игры из ноутбуков, первый прототип не стал полноценным телепатом, но второй прототип, Пакстон Феттел, превзошел ожидания. Мать и сыновей безжалостно разлучили. Альма рожала в коме, но во время рождения первого прототипа внезапно проснулась, зато рождение второго прошло без происшествий. Девушку поместили в «Саркофаг» и держали там несколько десятков лет. Когда Феттелу было 10 лет, мать из «Саркофага» взяла его под контроль при помощи телепатии (событие, которое получило название «синхронизация»), и он убил двоих охранников и ранил ещё несколько человек; проект прикрыли, но исследования в «Армахем Технолоджи» продолжались.