Вам нужно отключить на iPad синхронизацию с медиатекой iCloud. Вот как это сделать:
Откройте на iPad Настройки —> Фото и Камера. Отключите ползунок напротив пункта Медиатека iCloud.
После этого можете открыть приложение Фото на iPad и удалить все фотографии, не опасаясь за их сохранность в облачном хранилище iCloud и на iPhone.