Такой простой и явной взаимосвязи (прекращена аккредитация —> отменены протоколы) нет. Тут надо понимать причины прекращения действия аккредитации.
Если это связано с тем, что лаборатория "рисовала" протоколы (без фактических испытаний) — то очевидно, что эти протоколы будут признаны недействительными, а вслед за ними будут признаны недействительными разрешительные документы, оформленные на основании этих протоколов.