Выставить то он может. Но это будет неправомерно. Человек, который не зарегистрирован как ИП, не является плательщиком НДС.
Соответственно, если вы зарегистрированы как самозанятый, то выставлять счета с НДС вы не в праве. Вы не являетесь плательщиком этого налога.