Добрый день! Скорее всего в целом заявленную сумму уже проверили, но либо есть некомплектность в документах, либо нужно что-то поправить в оформлении 3-НДФЛ.
В моем случае (аналогичном) я написала обращение в ФНС, которое отвечало за мою проверку, указала проблему и написала о том, что мне не пришел акт с конкретными нарушениями, поэтому прошу дать информацию. Мне ответили, что я должна в срочном порядке дослать документы (правда перечень не указали). Я заново дослала сканы всех документов через ЛК в дополнение к декларации. В итоге сначала пришел ответ из ФНС, что присланные документы приняты в работу, а где-то спустя месяц пришли уведомления, что принято решение о выплатах, с конкретными суммами. Деньги я уже получила в полном объеме. Советую вам написать официальное обращение в ФНС (через ЛК), при этом четко прописать в обращении, что и когда вы послали, указать номер входящий этих документов и попросить прислать в ответ подробную информацию о выявленных нарушениях для их оперативного исправления.