У деревянных окон преимущества перед пластиковыми в плане фактуры поверхности, натуральности цветов. Также, при корректном монтаже, деревянные окна не будут образовывать конденсат на стеклах и будут регулировать влажность воздуха в помещении, за счет гигроскопичности древесины (т.е. древесина будет вбирать в себя излишнюю влажность воздуха, и "отдавать" её, когда воздух пересушен).
Всё зависит от того, какие конкретно цели вы преследуете, когда устанавливаете окна - только теплосбережение и комфорт эксплуатации или ещё и эстетичный внешний вид и статусность.