Если участок в собственности менее 5 лет (или 3-х), то можно применить 2 вычета (на выбор):
С оставшейся разницы нужно будет заплатить налог 13%.
Также важно не забывать, что в некоторых случаях НДФЛ рассчитывается не от суммы продажи по договору, а от 70% кадастровой стоимости (в том случае, если цена в договоре занижена).