Одна из теорий происхождения митохондрий говорит, что они являются протобактериями, которые в качестве симбионтов когда-то давным давно поселились в более крупных клетках, и по сей день "сотрудничают" с любыми организмами. Поэтому они частично сохранили признаки отдельного вида, в частности - собственный геном.