Какой кошмар описан в истории Андрея (который живёт в том же городе СПб, что и я)! Лично мне повезло больше. Я подавал заявление через Госуслуги, в назначенное время приехал в отдел милиции, без очереди показал оригиналы документов и отдал две фотографии и старый паспорт, потом через несколько часов приехал в следующее назначенное время и без очереди забрал новый паспорт. Ничего не заполнял.
Теперь по существу. Как я понимаю, фотография, прилагаемая в электронном виде к заявлению, в дальнейшем не используется в документах. В паспорте окажется бумажная фотография, вторая бумажная фотография окажется в учётной карточке в МВД.