Каждый случай рассматривается отдельно. Если на вас не был наложен запрет на въезд в страну, то вероятность получения визы в будущем значительно возрастает. И, всё же, нужно стараться соблюдать правила "основной страны" при путешествие в Шенгене. В следующие разы в консульстве или посольстве могут потребовать документы, которые точно смогут подтвердить вашу цель визита и доказать, что вы действительно большую часть времени будете находится в Эстонии. То есть визу вам в будущем могут дать, но теперь придётся изрядно потрудиться, чтобы её получить. У вас также есть прекрасная возможность подать документы и в другие консульства, например, в финское.