Если цели сепаратистов обусловленны достижением социальных задач, направленных на достижение благополучия региона, то самым рациональным действием будет вступить в переговорный процесс. Возможно даже будет допустимым предоставить "мятежному" региону широкую автономию, сделать налоговые послабления, до тех пор пока ситуация не стабилизируется. Т.е. самое рациональное, что я здесь вижу прислушаться к мнению жителей самого региона, понять чем вызвано недовольство "центром" и невилировать его.
Но, что-то мне подсказывает, что автор имел ввиду следующую ситуацию:
В случае же, если же изначально сепаратисты преследуют цели дестабилизации региона, захвата и удержания власти, или избрали террор как средство к достижению своих целей, получают явную поддержку сопредельных государств заинтересованных в отделении той или иной территории. То единственный способ разрешения конфликта - силовой.
На ранней его стадии возможно осуществить арест лидеров сепаратисткого движения и видных его представителей. Если же ситуация уже переросла в открытое военное столкновение и силы правительства не контролируют регион, то действия должны быть примерно следующими:
1) Проинформировать ООН, ОБСЕ, красный крест и прочие организации в сферу деятельность которых входят подобные ситуации, о готовящемся силовом решении конфликта.
2) Обеспечить по возможности эвакуацию мирного населения из зоны конфликта.
3) Приступить к проведению полномасштабной военной операции.
Подобные примеры в истории уже были операция "Буря"
Естественно следует использовать лишь высокточное оружие и по освобождению территории от сепаратистов допустить туда международных наблюдателей.
Правда все это написано с той точки зрения, что режим в стране является подлинно демократическим.