Все во вселенной состоит из атомов. Какие именно свойства атомов определяют, что состояние чего-то твердое или мягкое, имеет запах, определенный цвет и т.д.?

Если очень упрощённо, то эти свойства - число электронов (равно числу протонов) и число нейтронов. Свойства веществ определяются качественным и количественным составом их структурных единиц (обычно молекул), то есть тем, сколько каких атомов в каком порядке соединено химическими связями.