Не знаю насчет вреда, но кроме рвоты (и то не всегда) иных "побочных эффектов" я не знаю.
Ну и для полноты ответа замечу, что стакан морской воды дают не совсем новоиспеченным матросам, а матросам, которые впервые пересекают экватор. Помимо стакана воды, матрос проходит еще ряд испытаний, все, конечно же, в шутливой форме.
Хотя сейчас такое встречается все реже.