это хорошо описано в Письме Минфина от 10.11.2015 № 03-04-05/64521
при продаже квартиры, полученной по договору мены и находившейся в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет в сумме, полученной налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи квартиры, но не превышающей в целом 1 000 000 рублей, либо уменьшить доходы от продажи квартиры на сумму произведенных расходов, связанных с приобретением квартиры. В расходы, связанные с приобретением квартиры, включается стоимость квартиры, указанная в договоре мены, либо, при ее отсутствии в договоре, рыночная стоимость обмениваемой квартиры, а также сумма доплаты разницы стоимости обмениваемых квартир.
Договор мены приравнивается к договору купли-продажи, поэтому налог будет с разницы между договором мены и договором продажи.
Налог = (наибольшая сумма из цены продажи и (70% от кадастровой стоимости) - цена из договора мены)*13%