Добрый день!
Военкоматы не входят в список организаций находящихся в ведении федеральных органов исполнительной власти. Единственный орган представленный Министерством обороны РФ - это воинская часть 23626.
Так же есть перечень организаций, находящихся в ведении органов исполнительной власти субъектов РФ. Данный список весьма внушительный и если военный комиссариат одного из субъектов РФ там присутствует, то теоретически конечно можно проходить там альтернативную службу.
Вы можете самостоятельно ознакомиться с перечнем должностей и организаций в Приказе Минтруда от 17.03.2022 № 133н "Об утверждении перечней видов работ, профессий, должностей, на которых могут быть заняты граждане, проходящие альтернативную гражданскую службу, и организаций, где предусматривается прохождение альтернативной гражданской службы".
Спасибо за вопрос!