Сам факт переформатирования означает потерю данных, вне зависимости от выбранного стандарта файловой системы. Кроме того, по моему мнению в исполнении такой операции нет надобности, так как, NTFS обладает неоспоримыми преимуществами перед FAT 32 со стороны безопасности(поддерживается авторизация с использованием DACL, шифрование с использованием EFS), а также обеспечивает соединение для каталогов.