Конечно, были.
Строительство метро — это, помимо всего прочего, очень большие археологические раскопки. А уж недра Москвы с её богатой историей точно таят в себе много загадок и сокровищ. Иногда вслед за строительными бригадами под землю специально отправляются археологи, чтобы найти на месте будущих станций ценные реликвии и сохранить их. Регулярно находятся металлические и каменные украшения, посуда, оружие и прочие сохранившиеся древности.
А теперь, собственно, к самым значимым находкам:
Отдельно стоит упомянуть о продолжающихся находках окаменелостей ископаемых животных в различных породах (в основном, в мраморе и граните), которые используются при облицовке станций. Это следы морских животных (моллюсков, морских ежей и проч.), живших в юрском, меловом, каменноугольной и даже в кембрийском периоде (более 500 млн лет назад).
В Интернете можно найти еще множество историй про всевозможные мистические находки во время строительства метро (целебные камни, магические изображения, неупокоенные духи и т.д.), но это уже, пожалуй, другая история.