Если уничтожить всех людей с ВИЧ, уничтожить всех животных с похожим вирусом, уничтожить всю кровь людей и животных, в которой этот вирус еще остался, то да, вирус будет уничтожен. Однако не факт, что он не сможет эволюционировать снова, через миллион лет, например, на какой-нибудь вообще другой планете с похожей жизнью, вероятность конечно ничтожна, но не равна нулю.