Все зависит в каком направлении геологи Вы хотите продвигаться и сколько денег Вы готовы потратить на образование. Ответив для себя на эти вопросы Вы обозначите научные школы, которые смогут удовлетворить Ваши запросы. Выбор магистратуры уже говорит о желании уйти в науку.
В сети можно найти курсы для геологов от большого количества вузов (к примеру, на hotcourses.ru). Вы можете выбирать их по рейтингу, который тоже узнать не сложно. Также следует обратить внимание на бесплатные программы со стипендией.
Как выбрать направление. Можно искать на сайтах вузов, ранжируя их по рейтингу. Можно воспользоваться ресурсами типа earthworks, EGU, EFG (ссылки ниже), где встречаются открытые конкурсы в магистратуру на конкретное направление с возможностью дальнейшего поступления в аспирантуру.
Объективный выбор сможете сделать только Вы. Советы типа "вот самый лучший вуз для геологов" равносильны хвалению куликом своего болота, так как, повторюсь, в разных вузах развиты различные научные школы. Удачи!
Спасибо за Ваш подробный ответ, а Вы где проходили магистратура?