Ядро ВКонтакте написано на PHP, но среда разработки является выбором конкретного разработчика. Её можно сравнить с инструментом, которым столяр обрабатывает делали для стула. Можно делать это дешевым топором, можно дорогим, можно с деревянной ручкой, можно с прорезиненной. Главное здесь, что ему удобно.
Ситуация со средами разработки такая же. Кто-то любит простоту и не пользуется массивными средами вообще, предпочитая редакторы vim, sublime, atom и т.д. Кому-то необходима мощь сред IntelliJ, Eclipse и Visual Studio. На конечный результат и удобство разработки в команде это не влияет, поэтому выбор среды остается за разработчиком.