Еще есть разница при перечислении денег через мобильное приложение. С одноименных карт перечисляем без комиссии, с Visa на MasterCard или наоборот - платим процент (у сбера, например, 1%: несущественно, если перечисляешь 100 р и вполне ощутимо, если 10000)
UPD от ANDREY LEVCHENKO:
"Как мне ответили в самом "Сбербанке": Комиссия при переводе есть только в случае перевода между картами из разных субъектов федераций и составляет она 1%, независимо от платежных систем."
Так что я была не права. Вспомнила, данное явление действительно наблюдалось для карт, оформленных в разных регионах.
Немного расширить тему (Cirrus, Maestro)?
Да, действительно, в этом я ошибся. Исправлю свой ответ, чтобы не вводить людей в заблуждение.